Группа ученых в Сан-Франциско борется, чтобы остаться в живых после чумы, почти уничтожившей человечество, в то время как Цезарь пытается сохранить господство над его сообществом разумных обезьян. Действие происходит спустя 15 лет после событий, показанных в оригинальном фильме. Люди попрятались, отдав свою судьбу в руки ученых, которые ищут решение проблемы, пока остальные борются за выживание.