Сару арестовывают за убийство матери Майкла и отправляют в тюрьму, и она все ещё носит его ребёнка под сердцем. На сей раз всё меняется местами: тюремный врач становится заключённым, а Майкл остаётся на свободе.

В кинофильме задействована большая часть героев сериала: Майкл, Линкольн, Сара, Сукрэ, Бэгвел, Махоуни и… Грэтхен. Каков же будет исход и финальный побег?.. Всё вновь зависит от гениального инженера-строителя.