В 2012 году весь мир, за исключением Токио, был уничтожен… точнее так думают жители Токио, и в их числе наш главный герой - Kamina Ayato. Во время одной из атак на Токио Ayato, почти не понимая, что делает, сбегает из города на секретном оружии - RahXephon. Здесь он понимает, что все, что он знал до этого, было ложью; остальная часть мира не только населена, но и находится в состоянии войны с Токио. А сам Ayato с его RahXephon'ом становится ключевой фигурой в этой войне, войне, о которой он ничего не знал, и в кошмаре, в котором он не хочет принимать участие.