Фильм рассказывает о героической обороне Брестской крепости, которая приняла на себя первый удар фашистских захватчиков 22 июня 1941 года.
С документальной точностью описаны события, происходившие в первые дни обороны. Много лет спустя, ветеран Великой Отечественной войны Александр Акимов снова и снова возвращается в своих воспоминаниях в то время, когда он - пятнадцатилетний подросток. Саша Акимов, беззаветно влюбленный в девушку Веру, оказался в самом центре кровавых событий войны.
Три главных очага сопротивления, возглавляемых командиром полка Петром Михайловичем Гавриловым (Александр Коршунов), комиссаром Ефимом Моисеевичем Фоминым (Павел Деревянко) и начальником 9-й погранзаставы Андреем Митрофановичем Кижеватовым (Андрей Мерзликин) связаны одной линией - историей Сашки Акимова (Алеша Копашов). Именно его глазами мы видим события, происходящие в картине. Прототипом Сашки был пятнадцатилетний Петя Клыпа, один из немногих выживших защитников Брестской крепости.
"Брестская крепость" фильм не только о войне, человеческие отношения главных героев являются очень важной его частью. Главная же идея картины лучше всего сформулирована в надписи, обнаруженной на стене одного из казематов: "Умираю, но не сдаюсь…"