В 2001 году группа учёных совершала экспедицию в Антарктиду, где было найдено гигантское существо из света, которое они считали первым Ангелом, Адамом. Контакт с Ангелом привёл к его самоуничтожению, сопровождавшемся Вторым ударом (после Первого Удара погибли динозавры), в результате большая часть Земли погрузилась под воду. Истинная причина Второго удара была скрыта от общественности, которой была представлена версия о том, что разрушения вызваны небольшим метеоритом, столкнувшимся с Антарктидой на скорости, близкой к скорости света.
Сейчас, в Токио3 приезжает школьник Икари Шинджи, чтобы встретиться с отцом, которого много лет не видел.
Но на город постоянно нападают странные монстры-ангелы и его отец, глава секретного отдела, заставляет Шинджи управлять специальными биомеханическим роботом, чтобы защитить город...