Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого (13 сентября 2000 года) произошла ужасная катастрофа - Всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества, большая часть суши оказалась под водой. Официально причиной катастрофы было названо падение на Землю огромного метеорита, но неофициально.... Итак, ученика второго класса средней школы, 14-летнего Икари Синдзи, вызывает к себе в секретный город Токио-3 его отец Икари Гэндо - руководитель "NERV", организации, защищающей Землю от неожиданно начавшегося вторжения существ, которых называют Посланниками или Ангелами - огромных существ, нападающих по одиночке и упорно атакующих именно штаб-квартиру "NERV" в Токио-3. Чего хотят Ангелы и откуда они взялись - неясно. Почему NERV был создан за много лет до начала вторжения (и откуда у него информация об Ангелах) - тоже тайна. Ясно только одно - обычное оружие против Ангелов не действует.