Действие происходит в далеком будущем, когда после глобальной катастрофы погибло практически все население Земли. Оставшиеся люди живут в защищенном городе-государстве Бренна, управляемом советом ученых. Сексапильная брюнетка Эон Флакс в соблазнительном костюмчике из латекса - лучший агент подпольной повстанческой организации «Моника». Ее возможности, также как мотивы и действия, за пределами объяснимого. Когда Флакс посылают убить президента, она открывает для себя целый мир тайн и секретов…