В середине 17 века два миссионера-иезуита, Родригес и Гарупе, отправляются в Японию, чтобы найти своего учителя - бесследно исчезнувшего католического священника отца Феррейру. Ходят упорные слухи, что Феррейра не погиб, а отрекся от своей веры и даже женился на местной девушке. Прибыв на остров Кюсю, миссионеры оказываются в самом центре гонений японских властей на христиан, однако находят приют в провинциальной деревушке, жители которой тайно исповедуют католичество. Очутившись в пекле религиозной борьбы, отец Родригес все больше запутывается и сомневается в собственной вере. Вскоре весть о непрошенных гостях доходит до главного притеснителя христиан, который называет сам себя «инквизитором», и для поимки священников в деревушку отправляется вооруженный отряд.